החיסונים הביאו להטבה ניכרת בבריאות בכל העולם והורידו משמעותית את התחלואה והתמותה ממחלות זיהומיות מסוכנות בילדים לעומת תופעות לוואי מינימליות ועלויות סבירות.
מתן חיסונים נמצא בבדיקה מתמדת ותחת בקרה של רשויות הבריאות המוסמכות ברמה הארצית והעולמית.
הפרסומים על השפעות לוואי שליליות ליוו את רוב החיסונים, . במשך השנים כמעט כל חיסון הואשם בגרימת נזק אבל כל המחקרים המדעיים המבוקרים לא מצאו קשר בין החיסון והטענות למחלות המיוחסות אליו. באלה יש למנות שעלת ונזק מוחי,חיסון לדלקת כבד - B הואשם בגרימת מחלות נוירולוגיות קשות. את החיסון של הימופולוס לדלקת קרום המוח, האשימו בגרימת סוכרת. ניסו לקשור את החיסונים למוות בעריסה, התנהגות אוטיסטית ואסטמה. היו אחרים שהגדילו וטענו, כי נגיף האבעבועות שחורות לא נעלם והמחלה קיימת, למרות כל העדויות על היעלמות המחלה בכל העולם.
כמו בכל טיפול רפואי, גם לחיסונים יש סיכונים מסוימים של תופעות לוואי ואין שום כוונה ליחס להם תכונות מאגיות של 100% יעילות ובטיחות. לכן חשוב להבדיל בין תופעות לוואי הידועות (ולא טענות השווא) ובין הסיכונים של נזק מהמחלה הטבעית שאותם הם מונעים. לכל חיסון יש הנחיות לשימוש, המיועדות להקטין את הסיכוי לתופעות לוואי משמעותיות לרמה זניחה ביותר, המפורטות במדריך החיסונים של משרד הבריאות.
טענות אחרות הן בגבול האמונות התפלות כמו : המחלות עברו לפני הכנסת החיסונים לשגרה בגלל שיפור תנאי החיים או שהחיסונים מחלישים את מערכת החיסון. מי שמביט בסביבה ובעולם יודע כי מחלות רבות שלא המציאו להן חיסון עדין מתפשטות בעולם ומי שמביט מבט עמוק על מערכת החיסון יודע כי המערכת יכלה לטפל בכמות אדירה של גורמי מחלה ולכן אין זה מקור לדאגה בכלל.